Sejak didirikan, Pusat Studi Pangan dan Gizi telah menjalin kerjasama dengan beberapa instansi pemerintah, swasta maupun universitas guna mengembangkan jaringan kemitraan baik dibidang pendidikan, penelitian, dan pelatihan.
Instansi Pemerintah
- Kementerian Perdagangan
- Kementerian Pariwisata dan Ekonomi Kreatif
- Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Nasional
- Kementerian Pertanian
- Badan Ketahanan Pangan
- Badan POM
- LIPI
- Dinas Pertanian Provinsi D I Yogyakarta
- Dinas Kesehatan Kabupaten Sleman
- Badan Bimas Ketahanan Pangan Provinsi Jawa Tengah
- Pemda Kabupaten Wonosobo
- Pemda Kabupaten Lamongan
- Pemda Kabupaten Bantul
- Balai Pengembangan Teknologi Pertanian (BPTP)
Instansi Swasta
- PT. National Champion
- PT. Sierad Produce Magelang
- KJUB Puspetasari Klaten
- Tundungan Farm Solo
- Dynasti PS Blitar
- PT.Peksi Guna Raharja Yogyakarta
- PT.Sukasari Demak
- PT. ABC Magelang
- Lembah Hijau Multi Farm Solo
- PT.Patria Wiyata VICO Yogyakarta
- PT.Dharmamulia Purna Karya Yogyakarta
- PT. Konimex Karanganyar
- PT.Bumi Sarimas Indonesia Padang
- Loka Penelitian Sapi Potong Pasuruan
- PT.Cocomas Indonesia Jakarta
- PT.Tiga Pilar Sejahtera Sragen
- PT. Dua Kelinci Pati
- PT. Yummy Food Utama
- PT. Sanbe Farma
Universitas
- Universitas Al Azhar Jakarta
- Universitas Diponegoro Semarang
- UNSOED Purwokerto
- Unika Widya Mandala Surabaya
- UNIBRAW Malang
- UNHAS Makassar
- Universitas Nusa Cendana Kupang