Aspek-aspek yang perlu diperhatikan untuk memilih bakteri probiotik untuk industri seperti disajikan pada Gambar adalah :
(1) Asal-usul strain probiotik dan status keamanannya. Bakteri probiotik yang banyak beredar di pasaran saat ini kebanyakan berasal dari mikrobiota usus manusia sehat (berupa feses), namun banyak pula yang diisolasi dari makanan fermentasi. Pemilihan mikrobiota usus sebagai asal probiotik, dimaksudkan untuk mendapatkan strain yang memang dapat hidup dan berkembang biak di usus. Namun, makanan fermentasi juga merupakan sumber yang ideal karena makanan ini telah dikonsumsi secara turun-temurun selama berabad-abad dan terbukti aman. Identifikasi yang jelas terhadap strain yang digunakan juga diperlukan, tidak hanya berdasarkan karakteristik penotipik, namun juga berdasarkan molekuler (16srRNA). Strain probiotik juga harus disimpan pada Culture Collection yang bereputasi internasional.